Vào năm 1900, bệnh viện Chợ Rẫy được xây dựng và thành lập với tên là Hôpital Municipal de ChoLon tại Sài Gòn. Đây là một trong những cơ sở y tế của Pháp thành lập ở Việt Nam sớm nhất cùng với Viện Pasteur Thành phố Hồ Chí Minh thành lập vào năm 1891, Viện Pasteur Nha Trang thành lập vào năm 1895.
Bệnh viện Chợ Rẫy được xây dựng trên nền đất cao có diện tích trên 50.000m2 với các tòa nhà kiểu pháp, cao 2 tầng, vốn trước đây là chợ mua bán của người Hoa, có tên là chợ Rẫy. Và từ đó, người dân vẫn quen gọi là bệnh viện Chợ Rẫy và tên này được dùng chính thức cho đến ngày nay.

Từ ngày 03/02/2010, Bệnh viện Chợ Rẫy được xếp hạng đặc biệt, là dấu mốc quan trọng để tập thể cán bộ viên chức bệnh viện tiếp tục đoàn kết phấn đấu xây dựng bệnh viện ”Chất lượng – Văn minh – Hiện đại”, xứng đáng với sự tin tưởng của Đảng và Nhà nước, sự tin yêu của nhân dân.

Sau ngày đất nước thống nhất đến nay, Bệnh viện luôn giữ vững sự ổn định và phát triển, quản lý và vận hành tốt bệnh viện đồng bộ và hiện đại, với kỹ thuật và công nghệ luôn được đổi mới và áp dụng, đội ngũ thầy thuốc và nhân viên có đủ trình độ và đạo đức nghề nghiệp, không ngừng nâng cao chất lượng bệnh viện, góp phần không nhỏ vào sự nghiệp bảo vệ, chăm sóc và nâng cao sức khỏe cho nhân dân khu vực phía Nam, cả nước và người nước ngoài.

Bệnh viện vinh dự đón nhận các phần thưởng cao quý của Đảng và Nhà nước, trong đó kể đến:
- Huân chương Lao động hạng I, năm 1999
- Danh hiệu Anh hùng lao động, năm 2000
- Huân chương Độc lập hạng III, năm 2005
- Huân chương Độc lập hạng II, năm 2010
- Huân chương Lao động hạng I (lần 2), năm 2015

Hiện nay, Bệnh viện Chợ Rẫy là bệnh viện đa khoa hoàn chỉnh, xếp hạng đặc biệt, tuyến kỹ thuật sau cùng các tỉnh thành phía Nam, trực thuộc Bộ Y tế.

• Chẩn đoán hình ảnh  
• Chấn thương chỉnh hình  
• Cột sống
• Cơ Xương Khớp  
• Dinh dưỡng  
• Dược
• Gây mê hồi sức  
• Giải phẫu bệnh  
• Hô hấp
• Hồi sức  
• Cấp cứu  
• Huyết học
• Truyền máu  
• Khám bệnh  
• Nhãn khoa
• Nội soi  
• Nội tiết  
• Tai
• Mũi  
• Họng  
• Thận
• Tiết niệu  
• Thần kinh  
• Tiêu hóa
• Gan mật  
• Tim mạch  
• Vật lý trị liệu
• Phục hồi chức năng